Smrt v Digitálním světě je nedílnou součástí každodenního života. Často to díky procesu znovuzrození nepředstavuje jinak závažný problém. Nicméně ne, vždy se lze znovuzrodit. A tento cyklus není tak něco, na co si lze pokaždé vsadit. Některé Digitální světy ho nemusí mít v provozu. Pokud jsou data trvale odstraněna či jinak přetvořena, což vede k znemožnění vytvoření Digivejce, dotyčný Digimon přestane zcela existovat. Smrt nebo přesněji resetování stávající konfigurace je obvykle způsobena poškozením Digijádra a vyřazením samo-opravujících procesorů.
Při přílišném poškození se dotyčný Digimon rozpadne na data mající podobu žlutých částic. Tyto částice jsou jakási životní energie a později zformulují do nového Digivejce, pokud je nezachytí jiní Digimoni. Při smrti a tvorbě vejce, Digimon ztrácí všechny či část svých vzpomínek. Vytváří se nám tak často jedince s novou osobností a s novými možnosti pro novou evoluční linii. Můžou však zůstat i zcela zachována. To se dost často stává u Digimonů, jenž jsou v partnerství s člověkem.
Podle legendy, pokud Digimon zemře v boji nebo vyprší jeho životnost, jsou jeho data odeslána do Temné zóny. Jedná se o temnou plochu, jenž je narušením prostoru a času. Je to ďábelský svět. Andělé v toto světě se stávají padlými anděli. Rovněž je to rodiště všelijakých duchů, temných Digimonů či nemrtvých. Říká se, že Digimon, který byl sem zaslán je souzen Anubimonem. Ten hodnotí činy a skutky všech Digimonů. Ten, kdo v tomhle soudu neuspěje, je navěky odsouzen k zatracení. V opačném případě se znovuzrodí.
